1949年10月為巡店區，1952年為第二區，1956年3月為第三指導小組，1958年9月為幸福人民公社，同年底為巡店人民公社，1961年4月為巡店區。
1975年2月為巡店人民公社，轄夾河、巡店、辛榨、高店管理區。
1979年2月桑樹人民公社并入巡店人民公社。
1987年為巡店鎮，分離辛榨、高店管理區，設立辛榨鄉；分離桑樹、洪山管理區，設立桑樹鄉。
2001年4月桑樹鄉并入巡店鎮，下轄33個行政村、1個社區及2個村級林場。