由原巴山村、長灘村、金竹山村、水井河村合并而來。
明末清初屬土司管轄；清雍正十三年（1735）后屬安德鄉管轄；嘉慶二十五年（1820）后屬北鄉管轄；民國三十四年（1945）屬馬水鄉巴山保；1950年稱為四區馬水鄉巴山保；1951年至1953年屬七區（資丘）巴山鄉；1955年屬都鎮灣區巴山鄉；1958年公社化時，稱資丘公社巴山大隊和都鎮灣公社長灘、水井河、金竹山大隊；1961年恢復區鎮建制，屬于資丘區巴山大隊和都鎮灣區長灘、水井河、金竹坪大隊；1975年撤區并社，屬資丘公社巴山大隊和鴨子口公社長灘、水井河、金竹山大隊；1984年設區建鄉，上述4個大隊均改為村，同屬都鎮灣區馬連鄉；1987年區鄉體制改革，同屬鴨子口鄉；2002年上述4個村合并為鴨子口鄉巴山村至今。