清雍正年間（1723-1735），荊州府監利縣廖姓因當地連發洪災無法居住，遷居至此，繁衍生息，屬恩施縣都亭里三甲。
民國初襲里甲制；民國十六年（1927）為梭布埡聯保第五、六、七、八保，屬恩施縣第一區；民國二十五年（1936）為梭布埡鄉第五、六、七、八保，屬第一北鄉區（熊家巖）；民國二十九年（1940）裁區建鄉，為第三、四、五、六保，屬麂子鄉。
1950年設九根鄉，屬屯堡區；1953年為九根鄉，屬十區（太陽區）。
1958年為九根管理區，屬白楊公社，下轄富裕、富饒、健康、星光、紅旗5個生產大隊；1961年為九根公社，屬白楊區，下轄富裕、富饒、健康、星光、紅旗5個生產大隊；1968年為九根公社革命委員會，屬白楊區革命委員會，下轄富裕、富饒、健康、星光、紅旗5個生產大隊；1975年為九根公社，屬白楊公社，下轄富裕、富饒、健康、星光、紅旗5個生產大隊；1981年為九根樹管理區，屬白楊坪公社，下轄九根樹、香樹坪、大沙壩、火石坡、白馬塘5個生產大隊。
1984年為九根樹鄉，屬白楊坪區，下轄九根樹、香樹坪、大沙壩、火石坡、白馬塘5個村。
1997年撤區建鄉，為九根樹管理區，屬白楊坪鄉，下轄九根樹村、火石坡村、香樹坪村、大沙壩村、白馬塘村5個村。
2002年合并村組，將原九根樹村、火石坡村、香樹坪村、大沙壩村、白馬塘村合并成九根樹村，屬白楊坪鄉，下轄九根樹、胡家灣、香樹坪、火石坡、穿心店、天鵝池、大沙壩、長梁山、白馬塘、觀灣、槍桿嶺11個村民小組。
2013年撤鄉建鎮，為九根樹村，屬白楊坪鎮，下轄九根樹、胡家灣、香樹坪、火石坡、穿心店、天鵝池、大沙壩、長梁山、白馬塘、觀灣、槍桿嶺11個村民小組。