原秦灣村：明嘉靖年間屬惠化鄉；清康熙年間屬從義鄉；民國時期屬青吉鄉；1949年5月屬陳巷區；1956年為秦灣社，屬陳巷區西草店鄉；1958年成立人民公社，更名為秦灣大隊，屬紅旗公社西草店管理區；1959年為秦灣大隊，屬陳巷公社西草店管理區；1961年4月恢復區（鎮）建制，為秦灣大隊，屬陳巷區西草店公社；1975年2月撤區并社，為秦灣大隊，屬陳巷公社；1977年撤聯興公社并入駱店公社，為秦灣大隊，屬駱店公社；1979年2月撤駱店公社并入陳巷公社，為秦灣大隊，屬陳巷公社西草店管理區；1983年底設區建鄉，為秦灣村，屬陳巷區草店鄉；1987年9月撤區并鄉，為秦灣村，屬駱店鄉。
原花墳村：明嘉靖年間屬惠化鄉；清康熙年間屬從義鄉；民國時期屬青吉鄉；1949年5月屬陳巷區；1955年為花墳社，屬陳巷區西草店鄉；1958年成立人民公社，為花墳大隊，屬紅旗公社西草店管理區；1959年為花墳大隊，屬陳巷公社西草店管理區；1961年4月恢復區（鎮）建制，為花墳大隊，屬陳巷區西草店公社；1975年2月撤區并社，為花墳大隊，屬陳巷公社；1977年撤聯興公社并入駱店公社，為花墳大隊，屬駱店公社；1979年2月，撤駱店公社并入陳巷公社，為秦灣大隊，屬陳巷公社西草店管理區；1983年底設區建鄉，為花墳村，屬陳巷區草店鄉；1987年9月撤區并鄉，為花墳村，屬駱店鄉。
2004年撤村并村，秦灣村和花墳村合并為靈山村，屬駱店鄉；2014年8月撤駱店鄉設駱店鎮，為靈山村，屬駱店鎮至今。