明嘉靖年間屬仁義鄉；清康熙年間屬遵義鄉；民國時期屬吳溪鄉；1949年5月屬吳店區；1955年為民主社，屬吳店區漿溪店鄉；1958年成立人民公社，更名為2大隊，屬上游公社漿溪店管理區；1959年為2大隊，屬郝店公社漿溪店管理區；1961年2月恢復區（鎮）建制，為2大隊，屬郝店區漿溪店公社；1975年2月撤區并社，更名為芝麻灣大隊，屬吳店公社；1983年底設區建鄉，為芝麻灣村，屬吳店區漿溪店鄉；1987年9月撤區并鄉，為芝麻灣村，屬漿溪店鄉；1990年10月撤漿溪店鄉并入吳店鎮，為芝麻灣村，屬吳店鎮至今。