原余店街道居委會：明嘉靖年間屬惠化鄉；清康熙年間屬惠化鄉；民國時期屬余界鄉；1949年5月為余店街，屬余店區；1953年為余店街工商聯，屬余店區；1958年成立人民公社，為余店街工商聯，屬七一人民公社；1959年為余店街工商聯，屬余店公社；1961年4月恢復區（鎮）建制，為余店工商聯，屬余店區合作公社；1975年2月撤區并社，為余店街，屬余店公社；1980年為余店街，屬余店公社合作管理區；1983年底設區建鄉，為余店街居委會，屬余店區西余店鎮；1988年為余店街居委會，屬余店鎮。
原菜園村：明嘉靖年間屬惠化鄉；清康熙年間屬惠化鄉；民國時期屬余界鄉；1949年屬余店區；1957年為余店2社，屬余店區合作鄉；1958年成立人民公社，為余店2大隊，屬七一人民公社合作管理區；1959年為余店2大隊，屬余店公社合作管理區；1961年恢復區（鎮）建制，為余店2大隊，屬余店區合作公社；1969年更名為菜園大隊，屬余店區合作公社；1975年為菜園大隊，屬余店公社；1980年為菜園大隊，屬余店公社合作管理區；1983年底設區建鄉，為菜園村，屬余店區西余店鎮；1987年9月撤區并鄉，為菜園村，屬余店鎮。
原徐園村：1983年從余店區西余店鎮墩子村分出，成立徐園村，屬余店區西余店鎮；1987年9月撤區并鄉，為徐園村，屬余店鎮。
2004年撤村并村，原余店街道居委會、菜園村、徐園村合并為余店村，屬余店鎮；2012年10月更名為余店社區，屬余店鎮至今。