明朝屬香溪鎮，清朝屬香溪鄉，民國時期屬香溪鄉六保（龍王嘴）、十一保（白沙頭、渡船口）、十二保（葉家河）；1950年5月設置萬古村，屬香溪區，1953年1月改稱萬古鄉，屬第一區（香溪）。
1956年3月小鄉合并后建立光榮、星星、前進農業生產合作社，屬第一區（香溪）萬古鄉；1958年11月人民公社化時設立光榮大隊、星星大隊、前進大隊，屬香溪人民公社長春管理區；1961年4月設區建社時屬香溪區長春人民公社，1975年10月撤區并社后屬三閭人民公社長春管理區；1981年3月，光榮大隊更名為萬古寺大隊，星星大隊更名為貫埡大隊，前進大隊更名為黃陽畔大隊，屬三閭人民公社長春管理區；1984年2月撤社建鄉時，萬古寺大隊、貫埡大隊、黃陽畔大隊分別改設為萬古寺村、貫埡村、黃陽畔村，屬三閭區官莊坪鄉，1985年10月改屬香溪區官莊坪鄉，1987年9月鄉鎮合并后屬香溪鎮；1999年3月，萬古寺村并入貫埡村；2001年11月，貫埡村、黃埡畔村合并為萬古寺村，屬歸州鎮至今。