早在3000年前的西周時代，六指就有黃陂東鄉唯一的重要水運碼頭——掩城港，經漢口、新洲陽邏等地聯通全國，是長江流域人類文明的發源地之一。
六指解放前屬于古堤鄉管轄，解放初屬武湖區。
1952年武湖區改名為黃陂第九區，1956年將九、十兩區合并為六指店區，1958年成立上游人民公社，1960年恢復區縣建制，仍保留六指店區，1969年撤區并社，由虎豹、桂林、六指、新集、民建5個小公社合并為六指店人民公社，后更名為六指店鎮。
1984年改為六指店區，1986年改為六指店鎮，2001年與甘棠街道合并改為六指街道至今。