明正德年間，隸屬四川布政司虁州府建始縣市廓里；清康熙二十年（1681），隸屬建始縣坊廓里；乾隆元年（1736），隸屬湖北布政司施南府建始縣坊廓里一甲；同治元年（1862），隸屬建始縣北鄉坊廓里一甲。
民國七年（1918），隸屬湖北荊南道建始縣“恭”字區三寶鄉；民國二十五年（1936），隸屬湖北第七行政督察區建始縣一區署長梁聯保；民國三十年（1943），隸屬建始縣茅田區中正鄉。
1950年，廢除保甲制，屬茅田區，同年5月，屬長梁區三寶鄉，名為馬子峽村；1958年，人民公社化，屬桂花公社三寶管理區，更名為前進大隊；1961年，恢復區建制，屬長梁區三寶公社；1975年，撤區并社，屬長梁公社三寶管理區；1984年，撤區建區（鄉），屬長梁區三寶鄉，更名為馬子峽村；1996年，撤區建鄉（鎮），屬長梁鄉三寶管理區；2001年，撤并調整，屬長梁鄉三寶辦事處；2011年，調整建制，更名為馬子峽村村民委員會；2017年鄉改鎮，屬長梁鎮至今。