清代，馬洞村地片屬兌宮馬洞圖，飛坳、團侖兩地片屬兌宮伏龍圖，民國屬南鄉第四、第五保，1950年后屬南區中塅鄉和飛坳鄉，1954年屬中塅鄉，1958年同屬九嶺人民公社馬洞、飛坳大隊，1962年屬九嶺區中塅人民公社馬洞、飛坳大隊，1975年同屬新生公社馬洞、飛坳大隊，1984年同屬九嶺區中塅鄉馬洞、飛坳、團侖村，1987年屬九嶺鄉馬洞、飛坳、團侖村，2001年九嶺鄉、潭下鄉、石溪鄉、馬港鎮合并為馬港鎮，屬馬洞、飛坳、團侖村，2002年馬洞、飛坳、團侖三村合并為馬洞村，屬馬港鎮至今。