明朝時期屬感化鄉；清朝屬於菟鄉，在清同治年間為人和會；1923年劃歸云夢第七團防區（魏店），1937年為第二區（義堂）；1945年10月后為明道鄉治所；1949年4月后，屬第二區（魏店）；1949年8月后，屬新二區（魏店）；1955年6月后，屬魏店區；1956年2月，云夢縣撤區并鄉，始設曾店鎮，上屬云夢縣人民委員會，下轄倒店、羅店、曾店、徐店、劉集、福量等6鄉；1958年9月，撤銷曾店鎮，成立英雄人民公社；1959年1月更名為曾店人民公社；1961年4月改設曾店區公所，管轄倒店、魏店、徐店、朱橋、水廟、人和、馮鋪等7個人民公社；1968年1月成立曾店區革命委員會；1975年2月曾店區分為曾店人民公社革委會和倒店人民公社革委會；1980年10月，曾店人民公社革委會更名為曾店人民公社管委會；1984年1月，倒店、曾店人民公社管委會合并組建曾店區公所；1987年9月，撤銷曾店區公所，再分曾店鎮和倒店鄉至今。
曾店鎮下轄3個管理區（2000年9月撤銷），22個村委會，254個村民小組。
2021年8月，調整為曾店社區、肖店社區、石山村、劉店村、朱橋村、大方村、下張村、破黃村、汪馮村、楓梓崗村、劉吳村、新進村、雙徐村、長和村、新余村15個村（社區）。