清朝康熙年間屬崖屋店村，清同治年間屬北鄉曲遠保。
民國11年屬第四區，民國36年屬青曲鄉姜疙瘩保。
1948年為彌陀村。
1951年土改，為彌陀鄉。
1955年撤鄉建社，為英明農業合作社，屬黌門區管轄。
1956年黌門區與大柳區合并為大堰區，英明農業合作社屬大堰區管轄。
1958年人民公社化，為英明大隊，屬火箭人民公社管轄。
1961年撤社建區，英明大隊屬大堰區管轄。
1975年撤區并社，英明大隊屬青曲公社管轄。
1981年，更名為彌陀寺大隊，屬青曲公社管轄。
1984年撤社并區，大隊改村，更名為彌陀寺村，屬大堰區曲遠河鄉管轄。
1987年撤區建鄉（鎮），彌陀寺村屬青曲鎮管轄至今。