清雍正七年（1729年），農車鎮境域屬董補里。
民國元年（1912年），屬董補鄉。
民國二十四年（1935年），屬二區上董鄉。
民國二十七年（1938年），屬董補鄉。
1950年，屬二區。
1952年，為十二區農車、馬蹄、正河、新寨、花橋鄉。
1955年，屬東鋪區。
1956年，分置正河、馬蹄鄉。
1958年，合置農車公社。
1984年，改農車鄉。
2005年，與干溪鄉舍龍村合置農車鄉。
2015年11月，塔泥鄉、農車鄉成建制合并設立農車鎮。