遠古氏族社會時，淮安市境為淮夷、徐夷聚居地。
淮夷的部落首領益率部眾隨大禹治理淮河，被封為伯。
禹的兒子啟繼位六年（前2170）時殺伯益，封其小兒子若木于徐地（今江蘇省徐州、淮安的盱眙和安徽鳳陽一帶），成立徐國。
春秋戰國時期（前486年），吳王夫差開挖了中國大運河最早河段——邗溝（即京杭大運河揚州至淮安區段）。
之后徐國先后被吳、越滅國，至滅國時，存續達1600余年。
亡國后國土最后被楚國兼并。
（資料來源：李白鳳《東夷雜考》；《淮安文學史》）。
秦統一六國，滅楚，在淮安市境置縣邑有淮陰（今清江浦區、淮陰區、淮安區大部分）、盱眙（今盱眙縣城北）、東陽（今盱眙縣馬壩）。
西漢年間，市境內又增置淮浦（今漣水縣西）、射陽（今淮安市東南）、富陵（今洪澤湖中）等縣。
東漢分屬下邳國和廣陵郡。
三國屬魏臨淮郡、廣陵郡。
西晉因之。
東晉分廣陵郡置山陽郡治山陽（今淮安區），南朝宋因之。
南齊永明七年（489），割直瀆、破釜以東，淮陰鎮下流雜100戶置淮安縣，“淮安”之名始見。
宋泰始二年（549）僑立兗州，治淮陰。
齊名北兗州，曾治盱眙，后復舊。
梁泰清三年（549）入東魏，改北兗州置淮州，又分置淮陰郡。
隋開皇初改淮州為楚州。
十二年移置山陽。
隋大業初廢楚州改屬江都郡。
唐武德初置東楚州。
八年復改楚州。
天寶初為淮陰郡。
乾元初再稱楚州。
南宋端平元年（1234）改淮安州。
元為淮安路。
明清稱淮安府。
明永樂十三年（1415）陳瑄重浚宋故沙河，更名清江浦，并建清江閘，清江浦鎮（今市主城區）由此興起，逐步取代山陽縣為南北交通要沖。
清乾隆二十五年（1760）清河縣遷治清江浦鎮，亦屬淮安府。
民國元年（1912），廢淮安府留清河縣。
1914年改稱淮陰縣。
1914至1921年為民國政府淮揚道治。
1934年為國民政府淮陰行政督察區專員公署駐地。
1937年民國政府江蘇省政府曾遷此。
1945年，新四軍第一次解放淮陰，建共產黨領導的清江市。
1948年第二次解放，成立兩淮市，旋廢，復稱淮陰縣，屬淮陰專區（專區公署駐沭陽縣）。
1951年復建清江市。
1952年專區公署移駐于此。
1954年清江市改省轄。
1858年清江市和淮陰縣合并稱淮陰市。
1964年市縣分置，仍名清江市。
1970年為淮陰地區行政公署駐地。
1983年撤銷淮陰地區，更名為淮陰市。
2001年更名為淮安市。
2016年，淮安市清河區、清浦區合并更名為清江浦區，洪澤縣更名為淮安市洪澤區。