秦廢金陵邑，于此置秣陵縣，因此得名。
漢初為秣陵縣；西漢元朔元年（前128）改秣陵侯國，后復為縣；王莽新朝改稱宣亭縣；東漢復舊名。
孫吳稱建業縣。
西晉復稱秣陵縣。
隋開皇九年（589）廢入江寧縣。
轄境宋代屬馴翚鄉、隨車鄉、萬善鄉、開元鄉、朱門北鄉。
北宋景德二年（1005）始置秣陵鎮，設有秣陵驛、秣陵鋪。
元代設秣陵巡檢司。
明代置稅關，稱秣陵關。
清代秣陵鎮號為江寧縣三大鎮之一。
民國初稱秣陵市。
1928年名秣陵鎮。
1949年4月沿之。
1958年秣陵鎮改秣陵人民公社。
1982年改設秣陵鄉。
1989年1月撤秣陵鄉改設秣陵鎮。
2004年8月撤秣陵鎮改設秣陵街道至今。