漢初屬荊王劉賈的封地。
漢高祖十二年(前195)，改為吳王劉濞的封地。
建安十三年(208)，孫權(quán)徙吳郡治于此。
吳郡徙治秣陵(今南京)后，置“京口鎮(zhèn)”。
東晉建武元年(317)，晉陵郡由丹徒縣城(今丹徒集鎮(zhèn))移治京口，京口始為郡治所在。
隋開(kāi)皇九年(589)，改丹徒縣為延陵縣，縣治移于京口。
唐武德三年（620），延陵縣更名為丹徒縣，區(qū)境屬丹徒縣。
宋代區(qū)境屬丹徒縣。
元至元十三年(1276)，改府為路，鎮(zhèn)江路設(shè)錄事司管理城內(nèi)。
明清仍屬丹徒縣。
1928年，丹徒縣更名為鎮(zhèn)江縣。
1949年4月，析鎮(zhèn)江縣城郊置鎮(zhèn)江市，改鎮(zhèn)江縣為丹徒縣。
1984年，以鎮(zhèn)江古稱(chēng)改城區(qū)為京口區(qū)。
1992年10月，鎮(zhèn)江市區(qū)以古運(yùn)河為界，河?xùn)|為京口區(qū)，河西為潤(rùn)州區(qū)。
1997年5月，丹徒縣諫壁鄉(xiāng)劃歸京口區(qū)，并入諫壁鎮(zhèn)。