唐武德三年（620），在此首建準行政機構“呂四場”。
后周顯德五年（958），海門建縣，域境中、北部屬之。
清康熙十一年（1672），降海門縣為靜海鄉，并入通州。
乾隆三十三年（1768），劃通州19沙、崇明11沙和新漲的10個沙，設置海門直隸廳，上隸于江蘇布政使司。
今啟東中部地區，時為海門直隸廳的東境。
雍正至光緒初年（1733~1875），長江口北岸的惠安沙、楊家沙、永豐沙等13個沙洲陸續形成并連成一片，因臨近崇明島，稱崇明外沙。
光緒二十三年（1897），崇明縣設崇海司巡檢署于九龍鎮（后更名為久隆鎮）。
崇明、海門兩地間開挖崇海界河，南為崇明外沙，北屬海門。
同期，通州、海門界河也開挖完成，以南為海門，以北為通東（通州東部）。
今啟東分屬三地的格局至此形成。
北部呂四地區，宋、元、明、清時屬海門，1912年到1942年屬南通縣；中部屬于海門；南部屬崇明，稱為“崇明外沙”。
民國9年（1920），崇明縣在外沙惠隆鎮（今匯龍鎮）設行政公署。
民國17年（1928），省政府決議“崇明外沙應即設縣分治，定名‘啟東’”；中華民國政府決議“準予備案”；啟東縣成立，縣治匯龍鎮。
民國22年（1933），啟東縣隸于江蘇省行政第七區。
民國25年（1936）隸于江蘇行政第四區。
抗日戰爭期間，中共在此建立東南行署。
1946年抗戰勝利后，民國縣政府隨軍“回鄉”。
1949年，中共解放全境后，另建縣建置，先后屬南通行政區、南通專區、南通地區。
1983年，實行市管縣體制。
1989年11月13日，國家民政部批復江蘇省人民政府（民行批〔1989〕23號），同意啟東撤縣設市，1989年12月14日，江蘇省人民政府發出《關于設立啟東市的通知》（蘇政發〔1989〕122號），撤縣設市。