五代初稱靜海鎮。
后周顯德五年（958）建通州，領靜海、海門兩縣，屬揚州；宋天圣元年（1023）改通州為崇州，又名崇川，后仍稱通州；政和七年（1117）改為靜海郡，不久復名通州；元至元十五年（1278）升為通州路，不久仍稱通州；清雍正二年（1724），升通州為直隸州，為區別于直隸省的通州，俗稱南通州；1912年5月，廢州改稱南通縣；1993年2月，撤銷南通縣改設通州市；2009年3月，經國務院批準，根據《江蘇省政府關于撤銷通州市設立南通市通州區的通知》（蘇政發〔2009〕60號），撤銷通州市，設立南通市通州區。