朱青莊村在1958年為五三大隊，1982年以境內朱青莊更名為朱青莊大隊，1983年改設為朱青莊村村民委員會；北古莊村在1958年為五五大隊，1982年以境內北古莊更名為北古莊大隊，1983年改設為北古莊村村民委員會；胡家巷村在1981年為胡家巷大隊，1983年改設為胡家巷村村民委員會。
2001年，原北古莊村與胡家巷村合并為港南村村民委員會。
2005年12月，原港南村村民委員會與朱青莊村村民委員會合并，命名為港南村村民委員會。