秦始皇二十六年（前221）設廬陵縣。
王莽新始建國元年（9），廬陵縣改名桓亭縣。
東漢建武五年（25），桓亭縣復名廬陵縣。
東漢初平二年（191），設廬陵郡，廬陵縣析置為8個縣，吉安縣當時稱高昌縣。
南梁天監元年（502），高昌縣并入石陽縣。
隋開皇十年（590），石陽縣改名廬陵縣。
1914年廬陵縣改名吉安縣。
1926年，吉安縣直屬江西省。
1949年7月28日，奉令析吉安縣石陽鎮置吉安市，同屬吉安分區。
1958年11月，吉安縣并入吉安市，次年6月，縣、市仍分治。
1968年，吉安縣屬井岡山地區。
1979年吉安縣屬吉安地區；同年11月，縣治從吉安市遷至新縣城敦厚鎮。
1987年興橋鄉、長塘鄉、樟山鄉劃歸吉安市；2000年，值夏鎮、東固鎮、新圩鎮、富田鄉、文陂鄉、云樓鄉劃歸吉安市青原區，曲瀨鄉劃歸吉安市吉州區。