西周前，屬揚州域。
春秋，為百越之地。
戰國，先屬越、后屬楚。
秦統一后，屬九江郡。
漢高帝六年（前201年），設置贛縣后，湖邊歸屬贛縣。
民國元年（1912年）后，湖邊仍歸贛縣管轄；民國十七年（1928年），設區保制，區下設保；民國二十四年（1935年），改屬贛縣第二區第八、九、十聯保；民國二十八年（1939年），改聯保為鄉，屬贛縣第二區水西鄉；民國三十八年（1949年）8月14日，仍歸贛縣，后取消保甲制，設區鄉村制，同年9月，成立水西區。
1950年，改名湖邊區。
1958年，撤銷湖邊區，成立紅旗公社，撤鄉設立湖邊管理區，撤并村設立17工區。
1961年4月14日，屬贛州市。
1963年，撤銷湖邊管理區。
1968年11月，湖邊公社由30生產大隊合并為17生產大隊。
1978年1月10日，湖邊公社劃屬贛州市。
1984年4月18日，湖邊公社改名湖邊鄉。
1989年12月，調整鄉鎮級政區，析設哈湖鄉。
1996年，湖邊鄉楊梅、大平村劃歸贛州市黃金嶺經濟開發區（今贛州開發區）。
1998年8月，撤銷湖邊鄉，設立湖邊鎮。
2000年5月，湖邊鎮螺田村、龍嶺村袁屋組劃歸贛州開發區。
2001年8月，蛤湖鄉并入湖邊鎮。
2008年9月，湖邊鎮劃入贛州開發區，劃出橫江、坳頭、蛤湖、永安、窯背、上禾、窯下7村給章貢區水西鎮。