1949年前為贛縣贛州鎮25、26保及白云鄉部分轄域；1949年11月1日分屬第五區第1、2村政委員會及贛縣白云鄉；1950年5月23日屬贛州市白云鄉，1952年4月屬市郊區南外鄉、西外鄉；1953年8月1日屬第三區南外鄉、西外鄉；1956年6月15日屬白云鄉，1958年10月7日屬章貢鄉，1959年10月22日屬南外街道辦事處；1964年8月屬白云公社，1972年年11月11日屬水南公社；1984年4月29日改名為水南鄉紅旗村。
1998年8月5日，將南外街道辦事處分設為東外、南外街道辦事處，紅旗村委會劃分到南外成立至今。