1945年11月，建立磐石縣民主政府，先后隸屬于中共永吉地委、吉林省地方工作委員會。
1946年1月，吉林省與遼寧省合并，磐石縣隸屬于遼北分省；同年5月27日，中共磐石縣委、縣政府轉移到縣內的黑石區江南打游擊之后，隸屬于吉南地委和吉南專署；國民黨成立的磐石縣政府隸屬國民黨領導的吉林省政府。
1947年5月31日，磐石解放，磐石縣政府仍隸屬于吉南專署，專署撤銷后隸屬于吉林省政府。
新中國成立后，磐石縣人民政府隸屬于吉林省人民政府。
1956年2月，磐石縣人民政府改稱磐石縣人民委員會。
1958年9月，磐石縣人民委員會隸屬于吉林市人民委員會。
1966年1月，磐石縣隸屬永吉專署。
1968年8月16日，成立磐石縣革命委員會。
1969年5月，永吉專屬撤銷，磐石縣隸屬于吉林市革命委員會。
1980年10月，撤銷磐石縣革命委員會，成立磐石縣人民政府，隸屬于吉林市人民政府。
1995年10月，磐石縣撤縣設市，磐石縣人民政府改稱磐石市人民政府，由吉林省直轄，吉林市代管。