天聰八年（1634年）劃定旗界。
清順治五年（1648年）建立旗制，設札薩克衙門，會盟昭烏達。
雍正初年（1723年）屬熱河廳，雍正十一年（1733年），屬承德府八溝理事同知廳。
乾隆四十三年（1778年）屬熱河道赤峰縣。
中華民國前期屬熱河特別區，偽滿時屬偽興安西省，改札薩克衙門為偽旗公署。
中華民國34年（1945年）10月，建立旗政府。
中華民國36年（1947年），建巴林右翼旗人民政府，屬熱河省昭烏達盟人民政府轄。
1949年5月，隨昭烏達盟歸內蒙古自治區，轄5個努圖克、2個區。
1952年，行政區劃變更為1個區，5個努圖克。
1954年，巴林右翼旗人民政府改建為巴林右翼旗人民委員會。
1957年，更名為巴林右旗人民委員會，同年，撤努圖克、區改建蘇木、鄉，轄9個蘇木、8個鄉。
1958年，改建為10個人民公社。
1961年，增建到14個人民公社。
1968年，改建為巴林右旗革命委員會。
1969年，隨昭烏達盟劃歸遼寧省。
1979年，隨昭烏達盟復歸內蒙古自治區，復建巴林右旗人民政府。
1983年，盟改市，屬赤峰市轄。
1984年，改建為15個蘇木、2個鄉，2個鎮。
2001年，將原來的19個蘇木鄉鎮調整為12個蘇木、2個鄉、2個鎮。
2006年，撤鄉并鎮，由16個蘇木鄉鎮合并組建為3個蘇木、5個鎮。
2012年，行政區劃調整，將查干沐淪鎮劃分為查干沐淪蘇木和巴彥琥碩鎮。
巴林右旗人民政府駐大板鎮，轄西拉沐淪、巴彥塔拉、幸福之路、查干沐淪4個蘇木、大板、索博日嘎、寶日勿蘇、查干諾爾、巴彥琥碩5個鎮，沿用至今。