商、周、春秋、戰國時期，屬豸歲貊族系生活地區。
秦、漢、三國時期，為夫余人屬地。
南北朝時期，是北魏所屬烏洛候人居住地。
隋、唐時期，屬室韋。
遼朝時期，屬上京道、東京道。
金朝時期，屬上京路。
元朝時期，屬遼陽行省開元路。
明朝時期，先屬福余衛，后歸奴兒干都司轄。
清康熙二十八年（1689年），設布特哈總管衙門，管理該地區事務。
光緒三十二年（1906年），以嫩江為界分設東、西布特哈，本旗為西布特哈。
民國四年（1915年），西布特哈地區籌建布西設治局，總管公署與設治局并存，由總管兼理政務。
民國十四年（1925年），將布西設治局址與總管公署遷至尼爾基街。
民國二十一年（1932年），成立偽滿洲國傀儡政權，改布西設治局為莫力達瓦旗。
民國三十五年（1946年）1月，解放后成立布西旗，歸嫩江省二行署管轄。
同年3月，又改稱莫力達瓦旗，劃歸納文慕仁盟管轄。
民國三十八年（1949年）4月，將巴彥旗并入莫力達瓦旗。
1958年8月15日，經國務院批準成立了莫力達瓦達斡爾族自治旗，實現了民族區域自治，歸內蒙古自治區呼倫貝爾盟管轄。
1969年4月，劃歸黑龍江省大興安嶺地區領導。
1979年7月，劃歸內蒙古自治區，歸呼倫貝爾市管轄。