早在1萬年以前，扎賚諾爾人就在旗境內生活。
其后，便有東胡、匈奴、鮮卑拓拔部、蒙古等北方游牧民族曾在這里繁衍生息。
成吉思汗統一蒙古各部時，巴爾虎部落在貝加爾湖東部“巴兒忽真河”（今俄羅斯巴爾古津河）一帶過著半獵半牧生活。
由于巴爾虎部落生活在蒙古草原北部森林中，草原上的牧民稱他們為“槐因亦爾堅”，意為“林木中百姓”。
成吉思汗招降“槐因亦爾堅”后，將巴爾虎部落分編于各個萬戶、千戶、百戶（當時的行政單位）之中。
封豁兒赤為主管“林木中百姓”的萬戶長。
后由右翼萬戶長木華黎統治，再后為成吉思汗二弟哈布圖·哈薩爾封地。
元朝前期，大部分巴爾虎人仍居住在貝加爾湖、呼倫貝爾地區，時旗境歸嶺北行政管轄。
明成祖永樂元年至宣德八年（1403～1433年），明朝設置哈剌孩衛（今新巴爾虎左旗境），隸屬奴兒干都司。
[20]17世紀上半葉，沙俄侵入巴爾虎部落的故鄉貝加爾湖一帶。
這時，巴爾虎部落主體已成為喀爾喀蒙古屬部。
清雍正十一年（1733年），從屬于喀爾喀車臣汗部的巴爾虎，在車楞和都古爾的帶領下，以巴爾虎各姓氏的名義向清王朝請求加入清八旗（平時與戰時相結合的軍事與政治組織形式）建置，獲得批準。
雍正十二年（1734年），共有2984名巴爾虎兵丁及家屬移住今呼倫貝爾地區，按索倫兵制，其中2400人編為兩翼八旗。
新巴爾虎左翼四旗（鑲黃、正白、鑲白、正藍）駐牧于今哈拉哈河、烏爾遜河、呼倫湖東岸及海拉爾河下游兩岸。
新巴爾虎右翼四旗（正黃、正紅、鑲紅、鑲藍）駐牧于今貝爾湖北岸、烏爾遜河和呼倫湖西岸及克魯倫河下游兩岸。
新巴爾虎左右兩翼四旗各設總管1名，每旗設副總管1員。
為區別于移住呼倫貝爾地區的巴爾虎部落，清王朝將清雍正十年（1732年）移住來的稱為陳巴爾虎，清雍正十二年（1734年）移此地的稱為新巴爾虎，并隸屬呼倫貝爾副都統府，由清王朝派統領進行統轄。
乾隆八年（1743年），清王朝停派統領，改由呼倫貝爾副都統銜總管（隸屬黑龍江將軍）1人坐鎮呼倫貝爾，統轄今呼倫貝爾地區事務，新巴爾虎左翼四旗亦歸其統轄。
不久，原新巴爾虎左翼四旗20個佐縮編為12個佐，鑲黃、鑲白2個旗住牧旗境北部，正白旗住牧旗境中部，正藍旗住牧旗境南部。
光緒七年（1881年），清王朝改呼倫貝爾副都統銜總管為副都統。
光緒三十四年（1908年），清王朝裁撤呼倫貝爾副都統，改設兵備道加參領銜，統轄各旗事務。
民國四年（1915年），新巴爾虎左翼四旗屬呼倫貝爾“特別區域”所轄。
民國九年（1920年），呼倫貝爾“特別區域”被撤銷，新巴爾虎左翼四旗隸屬呼倫貝爾副都統管轄。
民國十六年（1927年），新巴爾虎左翼四旗總管額爾欽巴圖，將總管衙門定居于正白旗頭佐游牧地沙賚特氏人祭祀的“十三敖包”（今阿木古郎），結束新巴爾虎左翼四旗衙門近200余年的游牧式辦公狀態。
民國二十一年（1932年）6月，日本侵略軍進占呼倫貝爾地區后，公布《興安省官制》，廢止“索倫八旗制”，將新巴爾虎左翼四旗合并稱為新巴爾虎左翼旗（此時，“旗”的性質已不是原有的“平時與戰時相結合的軍事組織”，而是實際意義上的行政區劃）。
民國二十三年（1934年），日本侵略軍隨即在原旗總管衙門的基礎上組建新巴爾虎左翼旗偽公署，隸屬興安北省管轄。
至此，清代“八旗制度”被全部取消，呼倫貝爾地區各“旗”均成為實際意義上的行政區劃，各偽旗公署成為具有實際權力的行政機構。
民國三十四年（1945年）10月，抗日戰爭勝利后，新巴爾虎左翼旗偽公署改稱之為新巴爾虎左翼旗政府，屬呼倫貝爾地方自治政府管轄。
民國三十六年（1947年），呼倫貝爾地區牧區青年在內蒙古自治運動聯合會和呼倫貝爾青年團的鼓勵下，自發地組織起來，改革各旗屬下的佐領（章京）制，將旗下設“佐”這一清制的最后一種軍事、政治組織形式徹底廢止，取而代之的是成立蘇木（一般由原來的2—3個佐組成）建置，并冠以地名為蘇木名稱，成立蘇木政府。
此后，“旗、蘇木”組織形式一直延續。
民國三十七年（1948年）1月，呼倫貝爾地方自治政府改稱呼倫貝爾盟，新巴爾虎左翼旗隸屬呼倫貝爾盟。
同年4月，經內蒙古自治政府批準，建立中國共產黨領導的新巴爾虎左翼旗政府，隨同呼倫貝爾盟，隸屬內蒙古自治政府，駐地阿木古郎。
民國三十八年（1949年）4月，呼倫貝爾盟和納文慕仁盟合并，稱呼倫貝爾納文慕仁盟。
1949年10月1日，中華人民共和國成立，新巴爾虎左翼四旗政府歸呼倫貝爾納文慕仁盟管轄。
1950年1月，新巴爾虎左翼旗政府改稱為新巴爾虎左翼旗人民政府，隸屬呼倫貝爾納文慕仁盟人民政府。
同時，新巴爾虎左翼旗所屬蘇木政府亦改稱蘇木人民政府。
1953年4月，撤銷呼倫貝爾納文慕仁盟、哲里木盟、興安盟建制，成立內蒙古自治區東部行政公署，新巴爾虎左翼旗人民政府歸屬內蒙古自治區東部區行政公署。
1954年5月，撤銷內蒙古自治區東部區行政公署，將原呼倫貝爾納文慕仁盟、興安盟所轄地區合并，成立呼倫貝爾盟。
新巴爾虎左翼旗人民政府歸屬呼倫貝爾盟。
1955年2月，新巴爾虎左翼旗人民政府改稱為新巴爾虎左翼旗人民委員會，歸屬呼倫貝爾盟人民委員會。
1958年6月，撤銷呼倫貝爾盟人民委員會，改為內蒙古自治區人民政府派出機構，設呼倫貝爾盟行政公署。
新巴爾虎左翼旗人民委員會歸屬呼倫貝爾盟行政公署。
1959年11月，經國務院批準新巴爾虎左翼更名為新巴爾虎左旗。
1968年3月，“文化大革命”中，成立新巴爾虎左旗革命委員會，行使原旗人民委員會職權。
1969年8月，新巴爾虎左旗隨同呼倫貝爾盟劃歸黑龍江省管轄。
1979年7月，新巴爾虎左旗隨同呼倫貝爾盟重新劃歸內蒙古自治區管轄。
1980年12月，新巴爾虎左旗革命委員會被撤銷，新巴爾虎左旗人民政府成立。
2001年2月，呼倫貝爾盟撤盟設市，新巴爾虎左旗人民政府隸屬呼倫貝爾市人民政府。