1700年，漢族搬遷至今天的多倫淖爾縣、圍場滿族蒙古族自治縣開荒種地，當地蒙古族的草牧場日漸縮小，因此集體往北搬遷至渾善達克沙漠腹地。
1949年3月，正藍旗成立第一、第二、第三聯合蘇木的時候，那日圖蘇木基本上屬于第二聯合蘇木；1950年，屬于第二蘇木；1954年，改變數字命名，以地域名稱命名的時候屬于高格斯臺高勒蘇木；1956年，把高格斯臺高勒蘇木劃分給扎格斯臺蘇木與杭哈拉敖包蘇木，并把扎格斯臺蘇木更名為那日圖蘇木、把杭哈拉敖包蘇木更名為杭哈拉蘇木；1958年11月，完成人民公社化，更名為那日圖人民公社；1961年，扎格斯臺公社從那日圖公社分離，并成立了扎格斯臺淖爾人民公社；1984年，農村牧區體制改革時那日圖人民公社更名為那日圖蘇木，各生產隊更名為巴嘎，1987年有更名為嘎查；2006年，正藍旗實行《撤鄉并鎮》體制改革時，那日圖蘇木、扎格斯臺蘇木、烏日圖塔拉蘇木合并，命名為那日圖蘇木；2012年扎格斯臺蘇木分離那日圖蘇木，成立了扎格斯臺蘇木。