西夏，設沒煙后峽（今鄭旗鄉撒臺村）。
北宋，改為蕩羌寨，隸屬西安州，后改隸懷德軍（治今原州區三營鎮黃鐸堡村古城）。
金時，屬鎮戎州（治今固原市）。
元時，先后屬鞏昌府路鎮原州（治今甘肅鎮原）和開城府路開城縣。
明時，設鄭旗營，隸屬西安州守御千戶所。
清時，設鄭旗堡，先后隸屬平涼府鹽茶廳（治今寧夏海原）和固原直隸州海城縣。
民國時，海原縣設正氣鎮。
民國三十八年（1949年）8月，境內設鄭旗、西沿鄉，隸屬于李旺區。
1952年10月，增設鄭旗區（第七區），轄鄭旗、撒臺、吳灣、西沿、楊灣、雙河、王塘、賈塘8個鄉；同年8月，改轄鄭旗、撒臺、吳灣、徐坪、馬營、曹洼6個鄉。
1958年10月，撤銷區鄉建制，境內設立鄭旗、西沿公社。
1959年5月，西沿公社撤銷，并入鄭旗公社。
1984年1月，由鄭旗公社改為鄭旗鄉。