元朝、明朝時期，由撒拉族土司管轄。
清朝時期，為查汗大寺工屬地，由撒拉族下四工世襲千戶管轄。
民國二十五年（1936年），屬第一區(qū)查汗大寺，蘇只鄉(xiāng)。
1952年7月27日，歸第四區(qū)。
1955年8月10日，屬街子轄區(qū)。
1956年8月21日，撤區(qū)，仍設(shè)蘇只鄉(xiāng)。
1958年7月，為團(tuán)結(jié)鄉(xiāng)，同年9月1日，合并成立紅旗公社。
1961年7月1日，紅旗公社撤銷，成立查汗大寺公社。
1966年10月3日，改為紅旗公社。
1984年6月，社改鄉(xiāng)，更名為查汗都斯鄉(xiāng)。