自唐以來屬萊州府昌陽縣，明洪武二年（1369），改稱登州府萊陽縣芝山鄉；1930年改新區制，南墅鎮屬第七區：1935年廢區，改稱南墅鄉校，1941年萊東縣析出，南墅鎮唐家村以北劃為第九區，稱萌山區，以南劃為第八區，稱院上區，1952年兩區合并，稱一區，即南墅區，又稱萌山區，區治在南墅。
1958年春撤萌山區，建南墅鄉和河里吳家鄉兩處，1958年9月實行“政社合一”體制，兩鄉分稱為南墅人民公社和河里吳家人民公社，1959年7月再次合并，稱南墅人民公社。
1962年南墅人民公社析出10個自然村與馬連莊析出的39個自然村合并成立了唐家莊人民公社，1972年11月，河里吳家人民公社復由南墅人民公社析出，1984年4月，撤銷“政社合一”體制。
兩人民公社分別改稱南墅鎮和河里吳家鄉，2001年1月區劃調整，原唐家莊鎮西部的17個自然村與南墅鎮，河里吳家鄉合并，為南墅鎮。