建國前，鎮內村莊除屯里、大胡村東西大街以北屬曲阜外，其余皆歸屬鄒縣管轄。
南部村莊屬土旺社，北部屬大胡社，東部屬魯源社。
民國時期為鄒縣二區。
1945年12月劃歸曲阜第五區。
1946年4月，曲泗縣第五區公所改稱曲阜縣第五區公所，機關駐南辛村。
1948年7月，鄒縣南辛區劃歸曲阜縣。
1949年為南辛區，下設13個鄉。
1950年8月，南辛區委改稱第五區委。
1955年5月又改為南辛區委。
區委駐南辛村。
1956年8月，南辛區下設南辛、魏莊、夏宋、息陬4個鄉。
1958年9月成立南辛人民公社。
原南辛區及所轄的南辛、魏莊鄉撤銷。
1965年8月，人民公社體制調整，原南辛人民公社改稱南辛區。
下設南辛、余村、魯源、曼山、魏莊5個公社。
1968年，區改為公社，原5個公社改稱生產管理區。
1970年成立尼山公社，1984年5月公社改區，南辛區轄南辛鎮、尼山鄉、曼山鄉。
1985年10月尼山鄉從南辛區劃出，列為縣直屬鄉，轄3個管理片、19個行政村。
1986年6月撤縣改市，南辛區改稱鎮，轄3個管理片、23個行政村。
2000年12月，鄉鎮規模調整，原尼山鄉、原南辛鎮合并組成新的南辛鎮，轄南辛、曼山、余村、庫西、庫南、庫北6個管理片，42個行政村。
2011年5月18日，經山東省人民政府（魯政函民字〔2011〕18號文）批準，將南辛鎮更名為尼山鎮至今。
2020年行政村建制優化后轄29個村委會。