本縣行政區劃屢經變更。
崇明五代初設鎮，宋時建場，元時建州，明代設縣，以后建置基本未變。
明正德年間（1506-1521年）設城廓周圍鄉村和東仁、西義、道安等鄉，下轄東南、東北、西南、西北、西沙南區和西沙北區6個區、110里。
清康熙年間（1662-1722年）仍設4鄉，下轄6區、110里。
雍正年間（1723-1735年）縣以下設4鄉，轄28區，其中東仁鄉轄響沙上區、響沙中區、吳家沙區、仙景沙區、南沙下區、箔沙上區、箔沙中區、箔沙下區、聯福沙區、高頭沙區等10區；西義鄉轄小團沙區、孫家沙區、新鎮沙上區、東阜沙區、平洋沙區、半洋沙區、永興沙區等8區；道安鄉轄長沙上區、長沙下區、南沙中區等3區；德寧鄉轄響沙下區、袁家沙區、東三沙區、永寧沙西區、永寧沙東區、仙景沙中區、仙景沙下區等7區，后在城區又增設長沙中區。
1912至1928年設城市、堡市和25個鄉。
1928年3月1日外沙10個鄉劃出另設啟東縣。
1929年8月設7個區，下轄21個鎮、119個鄉，其中一區（中央區）轄2個鎮、20個鄉，二區（豐安區）轄4個鎮、17個鄉，三區（新庶區）轄1個鎮、16個鄉，四區（東堡區）轄5個鎮、15個鄉，五區（東樂區）轄1個鎮、18個鄉，六區（西安區）轄5個鎮、20個鄉，七區（西平區）轄3個鎮、24個鄉。
1934年7月設5個區，下轄10個鎮、86個鄉，其中一區轄2個鎮、24個鄉，二區轄2個鎮、18個鄉，三區轄2個鎮、19個鄉，四區轄2個鎮、19個鄉，五區（即嵊泗列島）轄2個鎮、8個鄉。
1938年4月本島淪陷，全縣劃為4個分區（原五區不歸本縣管轄），下轄3個鎮、68個鄉，其中第一分區轄2個鎮、21個鄉，第二分區轄19個鄉，第三分區轄1個鎮、13個鄉，第四分區轄15個鄉。
1945年9月設5個區和2個鎮區，下轄4個鎮、89個鄉。
其中一區轄1個鎮、24個鄉，二區轄1個鎮、17個鄉，三區轄19個鄉，四區轄21個鄉，五區（嵊泗復歸本縣管轄）轄2個鎮、8個鄉。
1946年7月仍設5個區和2個鎮區，下轄4個鎮、47個鄉，其中一區轄11個鄉，二區轄1個鎮、7個鄉，三區轄8個鄉，四區轄1個鎮、13個鄉，五區不變。
1946年12月第五區（嵊泗）劃出，改為省轄特別區。
1947年5月設4個區、2個縣屬鎮，下轄1個區屬鎮、20個鄉。
其中一區轄5個鄉，二區轄5個鄉，三區轄1個鎮、4個鄉，四區轄6個鄉。
1949年6月設4個區、2個鎮，下轄21個鄉。
其中一區轄5個鄉，二區轄5個鄉、三區轄5個鄉，四區轄6個鄉。
1949年12月14日原屬本縣第五區的嵊泗列島劃歸江蘇省轄特別區。
1950年4月設8個區、2個縣屬鎮，下轄3個鎮、67個鄉。
其中三星區轄6個鄉，廟鎮區轄1個鎮、6個鄉，城橋區轄10個鄉，長興區轄8個鄉，新河區轄1個鎮、12個鄉，堡鎮區轄6個鄉，向化區轄10個鄉，陳鎮區轄1個鎮、9個鄉。
1952年7月設11個區，下轄3個鎮、107個鄉，其中三星區轄10個鄉，廟鎮區轄1個鎮、12個鄉，城北區轄16個鄉，長興區轄13個鄉，新河區轄1個鎮、10個鄉，豎河區轄9個鄉，堡北區轄10個鄉，向化區轄13個鄉，陳鎮區轄1個鎮、14個鄉。
1956年2月設4個區和2個縣屬鎮，下轄3個鎮、46個鄉。
其中廟鎮區轄1個鎮、11個鄉，城北區轄11個鄉，新河區轄1個鎮、11個鄉，向化區轄1個鎮、13個鄉。
1957年9月撤區并鄉，設2個鎮和23個鄉。
1958年9月，23個鄉改為人民公社，區劃不變。
1958年12月設2個鎮、10個人民公社。
1959年5月設3個鎮、26個人民公社。
1959年后經過圍墾先后建立8個市屬國營農場和2個軍墾農場。
1984年3月政社分設，人民公社改為鄉，崇明島設有26個鄉、2個縣屬鎮、8個市屬國營農場和2個軍墾農場。
1994年開始撤鄉建鎮，至1997年3月底設20個鎮、5個鄉。
2000年開展鄉鎮級行政區劃調整，至年底設13個鎮、1個鄉。
2005年5月18日經上海市人民政府報請國務院批準，原屬上海市寶山區的長興、橫沙兩個鄉行政區域整建制劃入崇明縣，崇明縣設13個鎮、3個鄉。
2008年8個市屬國營農場行政管理屬地化，建立東平鎮、新海鎮2個鎮，至年底設15個鎮、3個鄉。
2009年長興鄉撤鄉建鎮。
2016年6月，經國務院批準，同意撤銷崇明縣，設立上海市崇明區。