古名璜溪，宋代起逐漸形成集鎮，清初屬華亭縣，順治十三年（1656）為婁縣境，雍正四年（1726）隸金山縣，屬胥浦鄉四保、五保，1913年建呂巷鄉，（1929年設呂巷區，1948年改為鎮建制，1949年解放后設呂巷區，1957年撤區析為廊下、呂巷兩鄉，1958年改為呂巷人民公社，1984年恢復鄉建制，1986年改為縣屬鎮建制，為呂巷鎮。
1997年金山縣撤縣建區，呂巷鎮屬金山區。
2005年原干巷、呂巷兩鎮撤并成立新的呂巷鎮，名稱使用至今。