漢時為潼亭。
民國三十三年（1944年）前，各村莊分屬潼關、華陰、閿鄉3縣，政區無考。
同年，轄區有南劉、蘇家、南街、凹里、十里鋪、西北等屬城關鎮；西廒、金盆屬桃林鄉；寺角營、荒移、楊家莊屬漢城鄉；新城堡、四知、公莊、小泉屬四知鄉。
1951年，蘇家、南劉、南街、十里鋪、西北屬第一區，公莊、四知、桃林寨、新城堡、小泉屬第二區，金盆、西廒屬第三區，寺角營、荒移、楊家莊屬第四區。
1955年，撤區并鄉后，各村分屬城關鎮、吊橋鄉、十里鋪鄉。
1961年，恢復潼關縣建制后，設港口公社，轄1個社區和11個生產隊。
1984年，改為港口鎮。
1994年8月，從港口鎮中分出凹里、十里鋪、西北，設橋頭鎮。
1995年7月，更名為秦東鎮。
2002年1月，港口鎮、秦東鎮合并為秦東鎮，人民政府駐原港口鎮。
2010年8月，將高橋鄉的新城堡、四知（吊橋）、公莊、桃林寨、小泉5個行政村劃歸秦東鎮。