民國三十年（1941年），設郭鎮，轄9保。
1949年12月，建立郭鎮區，轄10個鄉。
1957年，區劃調整時將大南峪鄉劃歸甘肅省康縣，將甘肅省的史家河、譚家莊、裴家莊、羅義溝村劃歸郭鎮區。
1958年，成立郭鎮公社，轄5個管理區。
1961年，又恢復郭鎮區，各管理區建立公社。
1996年5月，撤區并鄉，將原來的郭鎮、坪溝、干河壩、吳家河一鎮三鄉合并為郭鎮，將原郭鎮區的木瓜院鄉并入藥木院鄉。
2001年12月，將原木瓜院片區的7個村并入郭鎮。