北魏景明元年(500年）設縣，縣境原屬商縣南部，稱南商縣，治所層峰驛（今皂角鋪），屬萇和郡。
隋初撤銷南商縣并入上洛郡之商洛縣。
唐、五代、北宋均屬商州之商洛縣。
元代屬商州直轄。
明成化十三年（1477年），以地處商山之南設商南縣，屬西安府商州，治所層峰驛。
明成化十七年（1481年）遷至層峰鎮（今城關鎮）。
清代屬直隸商州。
1913年屬漢中道。
1935年屬第四專員公署行政督察區。
1935年紅二十五軍曾在境內的兩岔河、腰莊、七盤磨、梁家墳等地建立了蘇維埃政權。
1946年建立鄂豫陜革命根據地。
1947年商洛地委、商洛軍分區在趙川成立，建立豫陜鄂革命根據地。
1949年屬陜南行政公署第二分區轄。
1950年5月屬商洛專區。
1969年屬商洛地區。
2001年8月屬商洛市。
下轄9個鎮、1個街道辦，18個社區居民委員會，108個村民委員會。