明天啟年間（1621～1627年），在馬坊鎮境內設彭村里。
清順治四年（1647年），又設上彭里。
民國十九年（1930年），屬渡馬聯保。
民國二十七年（1938年），設渡馬鄉，御駕宮屬渡馬鄉。
民國三十七年（1948年）4月，渡馬區境內設祁家鄉、周家鄉。
民國三十八年（1949年）5月，永壽縣人民政府在馬坊境內設耿家鄉、上來家鄉；設立御駕宮鄉。
1950年7月，撤銷渡馬區。
1952年6月，重建渡馬區，境內轄翟家鄉、周家鄉。
1953年7月，撤銷耿家鄉、上來家鄉，設立何家鄉、宋家鄉。
1956年3月，撤區并鄉時何家鄉、宋家鄉合并建立馬坊鄉。
1958年10月，馬坊鄉與翟家鄉、御駕宮鄉合并建立渡馬人民公社。
1959年1月，境內設立馬坊、來家管理區，分屬渡馬、常寧人民公社。
1961年9月，設立馬坊鄉、御駕宮鄉人民公社。
1962年2月，撤銷馬坊、來家管理區，建立馬坊人民公社。
1984年6月，機構改革時改稱馬坊鄉、御駕宮鄉、渡馬鄉。
1998年4月，改稱馬坊鎮。
2011年，撤銷渡馬鄉、御駕宮鄉，合并設御駕宮鎮。
2015年6月28日，撤銷御駕宮鎮，并入馬坊鎮。