清代屬榆林縣鎮城和保寧堡口外地域。
1949年6月前，屬河西鄉。
1949年6月后，隸屬榆林縣河西區，曾設可可蓋、補兔寨鄉。
1950年，設馬合區、八區、十一區。
1958年9月，撤區改設馬合公社。
1960年1月，并入馬合農場。
1969年1月，復設馬合公社。
1984年7月，改設為鄉。
同年9月，劃出可可蓋、昌汗峁、腦冒海則等7個行政村，設可可蓋鄉。
1997年11月，改設馬合鎮。
2002年5月，可可蓋鄉腦冒海則村并入。