清嘉慶七年（1802年），設(shè)定遠(yuǎn)廳東鄉(xiāng)從政里偏溪河地。
民國三年（1914年），設(shè)鎮(zhèn)巴縣東區(qū)偏溪河村。
民國二十五年（1936年），設(shè)偏溪河聯(lián)保2、3保。
民國二十九年（1940年），設(shè)觀音鄉(xiāng)8保。
1950年，設(shè)觀音區(qū)巴廟鄉(xiāng)。
1958年12月，設(shè)巴廟管理區(qū)。
1961年，成立巴廟公社。
1966年12月，更名為光華公社。
1979年3月，仍復(fù)稱巴廟公社。
1984年5月，改設(shè)巴廟鄉(xiāng)。
1996年5月，將小河、廟溪、巴廟、吊鐘巖鄉(xiāng)合并設(shè)為巴廟鎮(zhèn)。