1949年屬第三區(qū)。
1952年元月，屬第四區(qū)。
1953年屬師莊鄉(xiāng)。
1958年10月屬紅星人民公社。
1961年5月，成立馮南垣生產(chǎn)大隊，屬師莊公社。
1967年3月，，馮南垣生產(chǎn)大隊成立了馮南垣大隊革命委員會。
1984年，成立馮南垣村民委員會，歸屬師莊鄉(xiāng)管轄，2019年行政村合并，馮南垣村民委員會和曹洼山村民委員會合并為曹洼山村民委員會。
2022年，曹洼山村民委員會更名為馮南垣村民委員會。
隸屬于師莊鄉(xiāng)管轄至今。