1961年設立南邊生產大隊;1984年撤銷南邊生產大隊,設立南邊村村民委員會。
1949年至1952年為古郊區南圪臺行政村南邊自然村,1953年至1955年為古郊區(六區)古郊鄉南邊自然村,1956年至1957年為古郊基點古郊鄉南邊自然村,1958年至1960年為古郊紅旗公社南邊管理區,1961年至1983年為古郊公社南邊大隊,1984年至2000年為古郊鄉南邊村委會,2001年將馬武寨鄉并入古郊鄉,以原馬武寨鄉、古郊鄉的行政區域為現古郊鄉的行政區域,至今為古郊鄉南邊村村民委員會。