1961年設立申家溝生產大隊；1984年撤銷申家溝生產大隊，設立申家溝村村民委員會。
1949年至1952年為太和區郭家溝行政村的自然村，1953年至1955年為原太和區（二區）郭家溝鄉的自然村，1956年為平城基點原莊鄉的自然村，1958年至1960年為秦家莊超英公社郭家溝管理區的自然村，1961年為秦家莊公社郭家溝大隊的自然村，1962年至1983年為秦家莊公社申家溝大隊，1984年至2000年為秦家莊鄉申家溝村村民委員會，2001年撤鄉設鎮秦家莊鄉建制未發生變化，至2020年為秦家莊鄉申家溝村委會。
2021年轄區劃調整后因秦家莊鄉整體并入平城鎮，現為平城鎮申家溝村村民委員會。