薛店鎮歷史上曾屬北垣。
1943年，北垣西部劃歸稷麓二區。
1947年屬五區政府。
1948年10月，北垣劃歸聞喜。
1949年10月，五區屬現畖底鎮、薛店鎮、陽隅鄉，稱為北垣四十八個村。
1949年為五區人民政府薛店行政村。
1953年，分屬五區郝北、豐樂莊鄉。
1954年，北垣八個鄉合并為畖底、薛店兩個鄉。
1958年，屬北垣公社。
1961年，北垣公社劃分為畖底、陽隅、薛店三個公社，為薛店公社。
1984年，根據省政府（84）晉政函79號文批準設立薛店鎮。