明洪武二年（1369年），堡底村隸屬襄垣縣長樂鄉壁底（今北底）都壁底里所轄。
清宣統元年（1909年），堡底村隸屬襄垣縣堡底保所轄。
1922年堡底村隸屬襄垣縣第八編村所轄。
1937年堡底村隸屬襄垣縣一區土合編村所轄。
1953年堡底村隸屬襄垣縣土合鄉所轄。
1956年堡底村隸屬襄垣縣土合鄉所轄。
1958年堡底村隸屬襄垣縣城關人民公社所轄。
1961年堡底村隸屬襄垣縣北底人民公社所轄，稱為堡底生產大隊。
1984年堡底村隸屬襄垣縣北底鄉所轄，稱為堡底村村民委員會。
2020年3月，小堡底村并入堡底村，合并后擬定新村名為堡底村，新村委設在原堡底村，擬定新村駐地為原堡底村。
2021年3月行政區劃調整，撤銷善福鄉、北底鄉，合并設立善福鎮，該村隨之并入善福鎮。