1949年解放初屬一區新廟鄉。
1953年屬一區西窯溝鄉，稱南元行政村。
1956年撤區劃鄉，屬西窯溝鄉，并建立農業生產合作社，稱南元農業生產合作社。
1958年4月成立人民公社，屬西窯溝人民公社，和五里臺自然村，稱南元大隊。
1958年9月建立大人民公社，屬長城人民公社（駐地右玉城）仍稱大隊。
1958年左云、右玉兩縣合并，屬左云縣長城人民公社（駐地右玉城）南元大隊。
1961年分設右玉縣，屬右玉縣城關人民公社，稱大隊。
1984年9月建立城關鎮，同時成立南元村民委員會至今。
2001年撤鄉并鎮，隸屬右衛鎮，仍稱南元村民委員會。