清順治十年(1653)，遂寧縣并入蓬溪縣。
順治十七年(1660)，復(fù)置遂寧縣，治所仍設(shè)今遂寧市城區(qū)。
清雍正十二年(1734)，潼川州更名潼川府，遂寧縣隸屬潼川府。
今船山區(qū)境屬潼川府遂寧縣。
1912年，遂寧縣隸屬川北道，分下3里13場置東安縣(民國三年更名為潼南縣)。
1918年起，四川形成“防區(qū)制”，遂寧縣隸屬四川省第五衛(wèi)戍區(qū)。
今船山區(qū)境屬四川省第五衛(wèi)戍區(qū)遂寧縣。
1935年，川政統(tǒng)一，遂寧縣隸屬四川省第十二行政督察區(qū)。
直至1949年12月。
今船山區(qū)境屬四川省第十二行政督察區(qū)遂寧縣。
新中國成立后，1950年1月置遂寧縣，隸屬川北區(qū)行署遂寧分區(qū)。
今船山區(qū)境屬遂寧分區(qū)遂寧縣。
1952年9月1日，撤銷川北區(qū)行署，遂寧縣隸屬四川省遂寧專區(qū)。
今船山區(qū)屬四川省遂寧專區(qū)遂寧縣。
1958年10月，并遂寧專區(qū)入綿陽專區(qū)，遂寧縣改隸屬四川省綿陽專區(qū)。
1968年9月，改綿陽專區(qū)名綿陽地區(qū)，遂寧縣隸屬四川省綿陽地區(qū)。
1985年2月，撤銷綿陽地區(qū)分設(shè)綿陽、廣元、遂寧三個省轄市。
5月，改遂寧縣置遂寧市市中區(qū)。
今船山區(qū)境屬遂寧市市中區(qū)。
2003年12月，經(jīng)國務(wù)院批準撤銷遂寧市市中區(qū)，成立船山區(qū)和安居區(qū)。
船山區(qū)治所置市城區(qū)。
同年12月26日，船山區(qū)舉行成立大會宣告遂寧市船山區(qū)成立。