會東上古秦時為邛都國地。
漢武帝元鼎六年（前111）會東地區屬會無縣。
唐昭宗天復二年（902）直至五代十國的后蜀時（907-965），會東地區先后為“大長和國”、“大天興國”、“大義寧國”和“大理國”等地方政權所割據。
明洪武年(1382)改屬四川布政司。
清雍正六年（1728），在西昌設寧遠府，改東川府屬云南省，今會東大部分地區屬寧遠府，東部金沙江沿岸的松坪、淌塘區域屬東川府。
嘉慶十六年（1811）設巧家廳治，今會東縣東部地區屬云南為巧家廳之善長里。
民國元年，會東縣原屬會理縣的東部地區改為洼烏分州，隸屬四川會理州。
民國二年（1913），洼烏分州改名洼烏分縣。
民國二十四年（1935），洼烏分縣改為會理縣第四區，不久又改名為鲹魚區。
1950年3月23日會東解放。
1952年7月1日，析會理縣東部地區和云南省巧家縣二區金沙江以西部分地區建立會東縣，縣政府駐參魚壩（今魚城街道），隸屬西康省西昌專員公署。
1955年10月隸屬四川省西昌專員公暑。
1978年10月隸屬涼山彝族自治州。
2004年，會東縣轄2個鎮、51個鄉，2019年12月，會東縣轄2個街道、13個鎮、4個鄉。