秦代，隸屬匈奴，西漢納入漢朝版圖，漢、晉、南北朝時代，烏孫、柔然、高車先后在這里建立勢力范圍進行游牧。
西魏至隋代，西突厥汗國建立。
唐朝時期，設瑤池都督府，匐延都督府，武則天時設北庭都護府，宋朝時代為西遼統治，十三世紀初，為窩闊臺汗國統治，1309年，今額敏一帶為察哈臺汗國領地，1628年，準噶爾部落游牧地，1762年，歸伊犁將軍管轄。
清乾隆二十九年（1764）屬塔爾巴哈臺參贊大臣所轄；光緒十四年（1888）隸塔城直隸廳。
1918年，析塔城縣置額敏縣，先后隸屬塔城道、塔城行政區。
1949年，額敏縣設有5個農業區和1個牧業區，即：一區（城鎮）、二區（上戶）、三區（烏什水）、四區（滿漢營）、五區（瑪熱勒蘇、也木勒霍林蒙古區）；托里牧業區（現托里縣全境）。
1953年牧業改造時期，由額敏縣析置托里縣。
1958年成立人民公社，全縣又將5個區改為8個公社、六個農牧場和一個城鎮，即：紅旗公社(郊區）、東風公社（上戶）、十月公社（玉什喀拉蘇）、勝光公社（滿漢營）、突擊公社（瑪熱勒蘇）、前進公社（杰勒阿尕什）、后設庫魯木蘇公社、二道橋公社、（二道橋庫爾特）；農牧場即：示范農場（加爾布拉克）、機關農場（闊什比克）、反修牧場（二支河）、紅星牧場（也木勒）、衛星牧場（薩爾也木勒）、喇嘛昭煤礦牧場（柯爾克孜庫熱）。
1981年縣鎮成立了人民政府。
1984年政、社分設，共10個鄉、1個鎮、5個農牧場。
10個鄉即：郊區鄉、上戶鄉、玉什喀拉蘇鄉、杰勒阿尕什鄉、瑪熱勒蘇鄉、二道橋鄉、霍吉爾特蒙古民族鄉、額瑪勒郭楞蒙古民族鄉、喀拉也木勒鄉、喇嘛昭鄉；1個鎮即：額敏鎮人民政府。
5個農牧場即：也木勒牧場、薩爾也木勒牧場、二支河牧場、加爾布拉克農場、闊什比克良種場。
2012年7月9日玉什喀拉蘇鄉變更為玉什喀拉蘇鎮、2012年7月15日杰勒阿尕什鄉變更為杰勒阿尕什鎮、2012年12月17日上戶鄉變更為上戶鎮，2013年9月10日瑪熱勒蘇鄉變更為瑪熱勒蘇鎮，2014年10月20日喀拉也木勒鄉變更為喀拉也木勒鎮。
2019年由139個行政村合并為119個行政村。