漢代為匈奴地。
隋屬西突厥。
唐隸北庭都護府，元為蒙古諸王封地。
清代先后隸屬科布多參贊大臣、阿爾泰辦事大臣管轄。
1919年，阿勒泰改隸新疆，屬阿山道布倫托海縣佐。
1937年，始設可可托海設治局，隸屬阿山行政區，駐地可可托海。
1941，升為縣，定名為富蘊，隸屬阿山行政區，縣政府設在可可托海。
1950年，富蘊縣成立，隸屬阿勒泰地區管轄。
1954年屬阿勒泰專區。
1958年成立高潮公社、幸福公社、紅旗公社、永紅公社，成立吐爾洪一牧場、喀拉布勒根二牧場。
1984年，成立庫額爾齊斯鎮、可可托海鎮，成立克孜勒希力克鄉、庫爾特鄉、鐵買克鄉、吐爾洪鄉、杜熱鄉、喀拉布勒根鄉。
2002年，成立恰庫爾圖鎮。