東巴扎回族民族鄉1953年11月24日東巴扎鄉從城關區析出，成立相當于鄉一級的東巴扎回族自治區。
1956年，改為東巴扎回族自治鄉。
1958年撤區建社，成為東風人民公社（原一區）的第六生產大隊。
東巴扎回族自治鄉與馬場鄉，鐵提爾鄉，樹柏溝合并，成立了一個人民公社，命名為鄯善縣東風人民公社，東巴扎回族自治鄉改名東風人民公社第五生產大隊。
1984年12月11日，建立鄉級政權機構時從東風人民公社第六生產大隊分出，恢復了東巴扎回族鄉。